Seit Inbetriebnahme des neuen Werkhofes im Jahre 1972 ist die Paul Baldini AG mit sehr hohen Abwasser-Auflagen vertraut. Inmitten der Firmenliegenschaft war lange Zeit ein Frischwasserpumpwerk der Gemeinde Altdorf stationiert. Dieses ist seit 2008 nicht mehr in Betrieb.

Das Kellerabteil der Firma wurde bereits beim damaligen Hallenbau sehr gross konzipiert und bietet heutzutage den ständigen Erweiterungen noch ausreichend Platz. Was früher mit einem Ölabscheider, Stapeltanks und einer Waschanlage für Lastwagen und Personenwagen begann, sind heute hochmoderne und computergesteuerte Aufbereitungsanlagen. Aktivkohlefilter, Spaltanlagen, Kammerfilterpresse, Druckerhöhungspumpe und Kompressoren sind jetzt beinahe 24 Std. im Einsatz, um sämtliches Schmutzwasser des ganzen Betriebes zu reinigen.

Auch Schmutzwasser kann recycliert werden. In einem 45'000 Liter Tank wird das gereinigte Wasser gelagert und kann für Saug- und Spüleinsätze wiederverwertet werden.